《女匪首传奇》由真人真事改编，故事将还原一代女匪首的传奇，讲述一个无忧无虑的少女在时代潮水的推动下转变为独霸一方的女匪首。百子和她相遇年少，在她的第一任丈夫被毒害去世之后成为了她有力的作战伙伴。两人有着一样的救国爱民之心，是一对灵魂伴侣。

解放战争时期，贵州山区里陆大财主之女陆翠珍美貌，被独龙山庄大少爷莫志明打动，为防天台山匪首熊山虎抢亲，两人迅速成婚。莫志明同父异母的妹妹莫六姑觊觎娘家财产，她暗中与熊山虎、国军司令曹少华勾结，设计陷害莫志明夫妇。陆翠珍的宽厚受到村民的爱戴，并吸引了保镖覃天。好景不长，熊山虎利用莫六姑给莫志明下毒将他害死。陆翠珍成为独龙山庄的女首领和覃天、罗凡一起与各方势力抗衡。陆翠珍与覃天日久生情，可双方均不愿挑明。覃天除掉熊山虎后远走他乡。曹少华阴险狡诈，打着解放军旗号挑拨离间制造仇恨误会。罗凡施计娶了陆翠珍，但陆翠珍误中国军之计成为人民的敌人。消灭国军之后，作为解放军排长的覃天回到家乡剿匪，而这个女匪首就是陆翠珍，他们之间再次上演一段情感纠葛。最终，陆翠珍被宽大处理释放了，并帮助解放军劝降了五龙匪帮。